Безо всякого преувеличения, это сооружение можно назвать самым древним зданием Бейрута, уцелевшим до наших дней. Названа она в честь халифа Омара Бен Хаттаба.
Ранее на этом месте были древний храм Юпитера и византийский храм. Ныне существующее здание было построено в эпоху крестовых походов. В нем располагалась церковь Иоанна Крестителя.
В 1187 году султан Салах эд-Дин приказал переоборудовать оказавшуюся на территории мусульман церковь в мечеть. Всего через 10 лет мечеть перешла в руки крестоносцев, которые соорудили в ней Кафедральный собор. А еще почти через 100 лет, в 1291 году собор снова оказался в руках мусульман и снова был переоборудован в мечеть. На этот раз уже навсегда.
В 1910 году на пожертвования населения и выделенные османским правительством средства была скуплена земля вокруг мечети. До этого на ней располагались лавки. Благодаря этому мечеть смогла обрести три выхода: — большой выход на рыночную улицу Аттарин (продавцов духов) — два выхода поменьше — на улицу Хаддадин (кузнецов и чеканщиков) и улицу аль-Фашха (ныне — ул. Вейган).
В разные времена мечеть носила разные названия. К примеру, в мамлюкский период она называлась Мечетью Фатух аль-Ислам (мечеть Победы Ислама — в честь окончательной победы мусульман над войсками крестоносцев).
В османский период она называлась мечетью пророка Ехьи (Иоанна Крестителя). По поводу происхождения этого названия имеются следующие две версии:
1) мечеть была названа в честь ранее существовавшего в ее стенах христианского собора
2) в ее станах хранились мощи этого святого, который в исламе является пророком
В 1949 и 1952 годах Управление Мусульманских памятников и Департамент древностей провели ряд реставрационных работ.
Во время гражданской войны мечеть подверглась разграблению, зданию был причинен большой ущеб. После окончания войны начались новые реставрационные работы. На этот раз на средства, пожертвованные благотворительницей из Кувейта — госпожой Суад Хамд аль-Хамиди. Имена тех, благодаря кому мечеть была вновь восстановлена, были увековечены на мемориальной доске.
